Японские о-ва были заселены человеком на ранних этапах позднего палеолита (стоянка Ивадзюку и др.). Для Гонгэнъяма и др. не исключается отнесение к среднему палеолиту. Зафиксировано более 10 тыс. палеолитич. местонахождений. Осн. гипотезы о первых путях заселения – северная (через Сахалин) и южная (по о-вам Рюкю). Древнейшие останки человека (совр. вида) – 19,9 и 21,8 тыс. лет назад – найдены в каменоломне Минатогава (о. Окинава).
По калиброванным радиоуглеродным датам для палеолита выделяют периоды: 35–29 и 29–16 тыс. лет назад. Для первого характерны трапециевидные отщепы с ретушью, рубящие орудия с частичной пришлифовкой, затем распространяются пластины и пластинки с притупленной спинкой, ножевидные изделия на пластинах, ретуширов. наконечники. Во втором периоде появляются варианты микропластинчатой техники (в т. ч. с Корейского п-ова), ок. 22 тыс. лет назад с о. Хоккайдо распространяются клиновидные микронуклеусы, среди орудий – концевые и боковые скребки, поперечные резцы, наконечники, скрёбла, тёсла, топоры. Охоту и собирательство существенно дополняло рыболовство, в т. ч. сезонный промысел лососёвых. В пещере Сакитари (Окинава) найдены древнейшие в мире (ок. 23 тыс. лет назад) рыболовные крючки из раковин мор. улиток. Наряду с лёгкими наземными сооружениями, строили полуземлянки. Водный транспорт обеспечивал межостровной обмен (обсидианом и др.).
Переход к эпохе дзёмон (Д.), судя по новейшим радиоуглеродным датам, происходил 15–13 тыс. лет назад. Показательно наличие керамич. посуды (одной из древнейших в мире; см. в ст. Керамика) на более чем 80 памятниках, в т. ч. Одай-Ямамото на о. Хонсю (15,3 тыс. лет назад). В Д. выделяют периоды: изначальный, начальный, ранний, средний, поздний, финальный. Их подразделяют на фазы.
В Д. появляются поселения с упорядоченной структурой: дома могли располагаться по дуге параллельно раковинным кучам (кьёккенмедингам), попарно вдоль прямой линии и т. п. Известны и малые поселения, населённые пещеры. Преобладали овальные и прямоугольные в плане полуземлянки, в позднем Д. появляются дома со стенами из дёрна, нередко в смеси с галькой (напр., Сидзимидзука на юге Хонсю). Встречающиеся в домах небольшие каменные кладки с крупным камнем в центре интерпретируются как алтари. Мегалиты (от Хоккайдо до Хонсю) нередко образуют кольца, в т. ч. с менгиром в центре. Их связывают с солярным культом.
К древнейшим относятся скорченные и вытянутые трупоположения в домах и раковинных кучах, в т. ч. с засыпкой охрой и киноварью. Позднее близ поселений появляются грунтовые могильники, напр. Татеиси (префектура Ивате): поселение на вершине холма, могильник, обозначенный с двух сторон менгирами, – у подножия. Погребения в осн. скорченные, головой на восток и северо-восток. В позднем Д. вокруг могил известны кольцевые земляные насыпи и каменные кладки; преобладают скорченные трупоположения, головой на запад, иногда их посыпали охрой; известны трупосожжения. В финальном Д. появляются захоронения в керамич. сосудах, курганы, зафиксирован обжиг могильной ямы.
Хозяйство Д. основано на охоте, собирательстве, рыболовстве. Кости оленя и кабана составляют до 90% в начальном и раннем Д., добывали также бурого медведя, енота, мор. млекопитающих, птиц и др. Известно ок. 3000 раковинных куч, в них – до 350 видов моллюсков. В среднем Д. возрастает значение рыболовства (с региональной специализацией). Земледелие появляется в начальном Д.; тыкву, горох, просо в среднем Д. дополнила гречиха; всего известно ок. 40 видов культурных растений.
Происхождение и этнич. принадлежность Д. – предмет дискуссий. К носителям Д. относят предков айнов, которые взаимодействовали с местным населением, вероятно палеоазиатами. В ходе миграций 1-й пол. – сер. 1-го тыс. до н. э. часть носителей финального Д. была вытеснена на север Хоккайдо и прилегающие острова (см. раздел Исторический очерк в ст. Сахалинская область), где на этой основе позднее сложилась культура Сацумон (7–12 вв. н. э.). Др. часть (культура Корекава и др.), наряду с пришельцами с материка, приняла участие в формировании Яёй культуры.
С эпохой Яёй в регионе связано наступление бронзового (4–3-й вв. до н. э.) и практически сразу вслед за ним – железного века, распространение керамики, изготовленной на круге, прядения и ткачества, заливного рисоводства. Используются ранние и появляются новые мегалиты. Многочисл. городища – свидетельства воен. столкновений. Исследование могильников позволяет проследить социальную стратификацию.
В 3 в. до н. э. – 3 в. н. э. в нескольких центрах на севере о. Кюсю и в нескольких центрах на о. Хонсю формируются крупные вождества – протогосударства. Одно из них связано с городищем Йосиногари (префектура Сага), окружённым рвом и частоколом. В ходе раскопок зафиксированы также рвы внутр. планировки, наземные и свайные строения, могильник (захоронения в керамич. урнах и др.), курганы, найдено много бронзового и железного оружия, бронзовых зеркал и колоколов, парадной керамики, литейных форм, фрагментов одежды и др. Ряд специалистов соотносит его со столицей «гос-ва» Яматай, упоминаемого в кит. летописях.
В 3–7 вв. на Японских о-вах (кроме Хоккайдо) распространяется культурная общность кофун. Характерны курганы, в т. ч. огромные (длина самого большого – 823 м), со сложными конструкциями, с ханива, богатым инвентарём, связанные с аристократией. На раннем этапе курганы располагались на возвышенностях, в дальнейшем – на равнине. Всего известно более 161 тыс. захоронений периода кофун. Использование курганов для погребения знати продолжалось до 7 в.; среди поздних – гробница Исибутай (префектура Нара) – подземное циклопич. сооружение из 30 каменных блоков (общая масса 2300 т) под высокой насыпью.
Культура кофун сложилась при значит. влиянии с территорий Китая и, особенно, Кореи (в т. ч. миграций), включая мн. элементы «всаднической культуры» (оружие, конский убор и др.) из Центр. Азии. Двусторонний характер контактов фиксируется письм. и эпиграфич. источниками, прослеживается по появлению в нач. 6 в. на юге Корейского п-ова («царство» Кая, откуда на Японские о-ва поставлялось железо) курганов «в форме замочной скважины», характерных для кофун, и др.
Группы «больших» курганов кофун соотносятся с правителями и элитой ряда раннегосударств. образований, о которых известно по кит. и япон. летописям. На этой основе формируется гос-во Ямато.