В это время завершился процесс сакрализации фигуры государя и минимализации его властных функций. В 866 Фудзивара Ёсифуса (804–872) получил должность регента (сэссё) при своём племяннике – государе Сэйве (858–876) – до Ёсифусы регентами становились только представители государева рода. Введение должностей сэссё и канцлера (кампаку), которые занимали гл. обр. представители «сев. ветви» дома Фудзивара, позволило контролировать правителя с малых лет. В кон. 9 в. на офиц. уровне прекратились контакты Японии с Китаем. Отсутствие прямого влияния материковой культуры привело к переосмыслению прежних заимствований и созданию собств. япон. культурных форм в архитектуре, письменности, изящной словесности, религ.-филос. мысли. В 1087 государь Сиракава (1073–87) отрёкся от трона в пользу малолетнего сына и принял постриг. Так возник новый институт власти – «правление из молельни» (инсей). «Государь-монах» не был скован ритуальными обязательствами и сакральностью статуса правящего государя и, обладая экономич. и воен. ресурсами, составил политич. конкуренцию регентам и канцлерам.
К кон. 10 в. централизованное «гос-во законов» пришло в упадок, произошёл крах надельной системы землепользования и образовалась система частных владений (сёэн). Элита проявляла политич. активность только в пределах столицы и столичного региона Кинай (Кинки). В этих условиях укрепились позиции местного чиновничества, крупных храмов и монастырей, провинц. воен. домов. Вместе с аристократич. (кугэ) и воен. (букэ) домами «храмовые дома» (дзикэ) обладали значит. властью, опираясь не только на экономические ресурсы, но и на отряды монахов-воинов (сохэй). Неспособность двора обеспечить контроль за провинц. властью продемонстрировали крупные восстания на северо-востоке и юго-западе страны в сер. 10 в. Для усмирения мятежников центр. власть активно обращалась за помощью к др. местным воен. домам. Во время воен. кампаний 11 в. на северо-востоке страны значительно вырос авторитет дома Минамото. После победы над домом Тайра в 1185 в битве при Данноуре Минамото Ёритомо (1147–99) устранил конкурентов, в т. ч. среди представителей своего рода. Ставка Минамото Ёритомо в Камакуре, на востоке страны, где род Минамото обладал тесными связями с местными воен. домами, стала центром воен. правительства бакуфу и вторым политич. центром в стране после столицы Хэйан-кё.