Создание первого сёгуната – сёгуната Минамото – ознаменовало собой процесс становления феод. системы с развитыми вассальными отношениями, социального и политич. господства сословия самураев. Этот период (1185–1333) получил назв. Камакура по ставке первого сёгуна. Началом сёгуната Минамото также можно считать 1192, когда Минамото Ёритомо получил от государя назначение сэйи тайсёгун («великий полководец, покоритель варваров»), его власть как главы воен. домов была легитимирована. После этого для поддержания порядка и контроля местных властей Ёритомо назначил воен. наместников – «защитников» (сюго) в провинции и «земельных глав» (дзито) в вотчины-сёэн. На эти должности назначались прямые вассалы сёгуна – гокэнины («человек дома»). После смерти Минамото Ёритомо сёгуны были отстранены от принятия непосредств. решений и стали номинальными воен. правителями. Реальная власть в бакуфу перешла к «заместителю» сёгуна – сиккэну («держатель власти»). Первым сиккэном сёгуна Минамото Санэтомо стал в 1203 его дед по материнской линии Ходзё Токимаса. С тех пор эта должность передавалась в роду Ходзё. В 1221 «государь-монах» Го-Тоба (правил в 1183–98) при поддержке столичной и воен. знати, влиятельных храмов и святилищ, недовольных властью сиккэна, выступил против дома Ходзё, но потерпел поражение и был отправлен в ссылку (т. н. смута годов Дзёкю). Завершился период «правления из молельни», вся полнота власти оказалась у сиккэна Ходзё. В Киото учреждена ставка наблюдателя за государевым двором (Рокухара тандай), который вмешивался в дела государя вплоть до выбора наследника трона.
В 1274 и 1281 монголы, захватив Китай и Корею, вторглись в Я. Попытки завоевания Я. окончились неудачей: в 1281 монг. флот погубил тайфун, позднее названный японцами «божественным ветром» (камикадзэ). Гл. роль в обороне страны сыграло бакуфу, действиями которого руководил Ходзё Токимунэ (1251–84). Гокэнины стали нести обязат. сторожевую службу в стратегически важных районах страны для защиты от неприятеля. Это привело к росту воен. мощи и укреплению самостоятельности юго-зап. провинций. Для обороны от монголов было построено большое число боевых кораблей, которые япон. пираты и мор. торговцы (вако) стали использовать для плавания в Китай, Корею и Юго-Вост. Азию. Пиратство и торговля обогатили юг страны. Во 2-й пол. 13 в. в Я. развивались товарно-денежные отношения, в которые были вовлечены объединения ремесленников (дза), перевозчики и торговцы (тоимару). Против власти бакуфу выступил государь Го-Дайго (1318–39), вокруг которого объединились недовольные политич. господством Ходзё представители воен. и столичной аристократии, крупные храмы и святилища. В 1333 Асикага Такаудзи (1305–58), посланный воен. правительством подавить мятеж, перешёл на сторону Го-Дайго, уничтожил наместничество бакуфу в Киото («реставрация Кэмму», кэмму синсэй, 1333–36). Воспользовавшись ослаблением бакуфу, представитель боковой линии Минамото – Нитта Ёсисада (1301–38) захватил Камакуру. Последний, 16-й сиккэн из дома Ходзё покончил с собой. В 1336 Асикага Такаудзи занял Киото и вопреки воле Го-Дайго возвёл на трон государя из др. ветви династии. Го-Дайго бежал в Йосино, где основал «юж. двор». Почти полвека в Я. правили два государя – «юж. двора» в Йосино и «сев. двора» в Киото; период их противостояния вошёл в историю как эпоха «юж. и сев. династий» (намбокутё; 1336–92). В 1338 Асикага Такаудзи был официально провозглашен сёгуном, что знаменовало наступление новой эпохи – сёгуната Асикага (1338–1573), или периода Муромати (назван по расположению с 1378 ставки сёгунов из рода Асикаги в р-не Муромати в Киото). В 1392 по инициативе сёгуна Асикага Ёсимицу (1358–1408) произошло воссоединение двух дворов.
