Объединение Я. завершил Токугава Иэясу, одержав победу в борьбе за лидерство между вассалами Тоётоми Хидэёси в решающей битве при Сэкигахаре в 1600. Провозглашение в 1603 Иэясу сёгуном положило начало сёгунату Токугава, или эпохе Эдо (1603–1867), названной по расположению ставки сёгунов Токугава в Эдо (ныне Токио). Конфискованные земли побеждённых даймё сделали дом Токугава крупнейшим собственником земель (1/4 всех земель страны) и вместе с городами и рудниками составили экономич. базу бакуфу. В этот период окончательно сложилась система бакухан: центр. власти бакуфу и местной власти княжеств – хан. Была установлена система жёсткого контроля даймё, в т. ч. система поочерёдного пребывания (санкин котай) князей в Эдо. Период мира, пришедший на смену междоусобным войнам, способствовал экономич. росту, бурной урбанизации (крупнейшие города – Эдо, Осака, Киото), развитию торговли, культуры, образования и книгопечатания. В 17 в. появились первые ручные ткацкие станки. Возникли шёлкоткацкие и хлопчатобумажные мануфактуры. В 18 в. порт Осака, ставший гл. торговым узлом Я., играл важнейшую роль в снабжении как центральных, так и отдалённых регионов страны продовольствием и разл. товарами, за что его прозвали «кухней Поднебесной». В городе действовал открытый сёгуном Токугавой Ёсимунэ (1684–1751) рисовый рынок, где определялись годовые цены на рис. Выделились крупные купеч. дома Коноикэ, Мицуи, Накаи и др. Во 2-й пол. 19 в. они использовали накопления для открытия первых япон. банков. Население было разделено на четыре сословия со строгой регламентацией: служилое сословие – самураи (в т. ч. придворная аристократия), крестьяне, ремесленники и торговцы.
Опасаясь экспансии европейцев и растущего влияния миссионеров, вмешивавшихся во внутр. политику, правительство издало ряд указов (1612, 1613, 1630), запрещающих христианство и ввоз христианских книг. В 1624 было запрещено приезжать в Я. испанцам, в 1639 – португальцам. Японцев лишили права покидать страну (1635) и строить крупные корабли (1636). С 1641 только голландцам, которые не вели миссионерскую деятельность, и китайцам было разрешено торговать в порту Нагасаки (о. Дэдзима). Добровольное «закрытие» страны не было абсолютным: юго-зап. княжества вели торговлю с Кореей и о-вами Рюкю. Продолжалось распространение зап. знаний: ввоз книг по прикладным наукам (медицина, астрономия), изучение голл. языка и перевод голл. книг в школах голлановедения (рангану). В 1792–93 в Я. (Хоккайдо) прибыло первое рус. посольство во главе с А. Э. Лаксманом и получило разрешение на заход рус. судна в порт Нагасаки. Однако посольство Н. П. Резанова в 1804 получило отказ в установлении дипломатич. и торговых отношений. В июне 1853, затем в февр. 1854 амер. корабли под команд. командора М. Перри вошли в бухту Эдо (ныне Токийский зал.). Эта демонстрация воен. мощи вынудила Я. «открыть» страну. 31.3.1854 был подписан японо-амер. договор о мире и дружбе, давший право США на заход в порты Симода и Хакодате. Этот договор стал первым в серии неравноправных Ансэйских договоров с Великобританией (1854), Нидерландами (1856), Францией (1858), Португалией (1860). 7.2.1855 между Я. и Россией был подписан договор о дружбе (см. Симодский трактат 1855), об условиях заключения которого посольство Е. В. Путятина вело переговоры с осени 1853.
Социально-экономич. и политич. кризис в конце периода Токугава, несмотря на ряд реформ бакуфу по сокращению расходов и улучшению положения крестьян, усугубился последствиями вынужденного приспособления страны к мировому рынку после подписания неравноправных договоров. В 1867 коалиция юго-зап. княжеств Сацума, Тёсю, Тоса и Хидзен (потомки даймё, выступавших против Токугавы Иэясу) вынудила Токугаву Ёсинобу (1837–1913), последнего сёгуна Токугава, вернуть верховную власть императору.