Ода Нобунага объединил под своей властью столичный район и часть вост. Я., в 1573 лишил власти и изгнал из Киото последнего сёгуна – Асикагу Ёсиаки (1537–97). Нобунага поощрял развитие ремесла и торговли, вёл войну с крупными буддийскими монастырями, которые усилились в период раздробленности. С сер. 16 в. в юго-зап. Я. прибывали первые европ. миссионеры, гл. обр. представители ордена иезуитов (первый известный проповедник в Я. – Ф. Ксавье). Миссионерская деятельность была особенно успешна на о. Кюсю. Во 2-й пол. 16 – нач. 17 вв. Я. вела торговлю с Португалией, Испанией, Нидерландами и Великобританией. Началось изготовление огнестрельного оружия по образцам, привезённым португальцами. После смерти Оды Нобунаги объединение страны продолжил Тоётоми Хидэёси, покорив всю зап. и сев.-вост.
Я. Узаконив свою власть получением титула кампаку и должности гл. министра (дайдзё дайдзин), Тоётоми Хидэёси создал совет «пяти наместников» для контроля столицы и столичного региона Кинай, издал указы о проведении обмера земель и составлении первых земельных кадастров с именами приписанных к земле крестьян (1582–98), о запрете принятия японцами христианства (1587), об изъятии оружия у крестьян (1588), об ограничении деятельности пиратов (1588), предпринял неудачную воен. экспедицию в Корею (1592–98). Эпоха объединения Я. известна в историографии как период Адзути-Момояма (1573–1603) по назв. ставки Оды Нобунаги в замке Адзути (ныне в префектуре Сига) и ставки Тоётоми Хидэёси в Момояме (Фусими, ныне р-н Киото).
